中国科学技术大学的科学技术史研究起步于20世纪70年代。1981年，经国务院批准，中国科学技术大学首批获得自然科学史（物理学史）博士和硕士学位授予权。1982年，经中国科学院批准，成立中国科学技术大学自然科学史研究室，由钱临照院士担任首任主任。1984年，经国务院批准，中国科学技术大学获得自然科学史（天文学史）、自然科学史（中国科学史）硕士学位授予权。1997年，经国务院批准，中国科学技术大学首批获得科学技术史一级学科硕士、博士授予权。20世纪80年代中后期，中国科学技术大学开始科技考古研究，建立了科技考古研究室。

   1999年，在自然科学史和科技考古两个研究室的基础上，中国科学技术大学联合中国科学院自然科学史所和中国社会科学院考古所，正式成立科技史与科技考古系。时任中国科学技术大学校长朱清时院士兼任第一届系主任，著名科学史家席泽宗院士兼任系名誉主任，著名历史学家李学勤教授兼任系学术委员会主任。2005年，著名科技史专家、国际科技哲学与科技史联盟原主席、中国科技史学会原理事长、国际科学史研究院柯瓦雷科学史奖章获得者刘钝教授兼任第二届系主任。

  2002年，经教育部评定，中国科学技术大学科学技术史学科成为全国重点学科。2005年，经教育部批准，中国科学技术大学建立科学技术史博士后流动站。在教育部前五轮学科评估中，中国科学技术大学科学技术史学科均名列前茅，于2016年首批入选教育部“世界一流学科”建设计划，2017年入选安徽省高峰学科。目前，学科围绕中国古代科技史、中国近现代科技史、世界科技史、科技考古、文物保护与传统工艺等五大方向建立了优势团队，共同推进学科的发展。

  中国科学技术大学科技史与科技考古系还先后获批考古学硕士学位授权点、文物与博物馆专业硕士授权点，为科学技术史学科的发展提供必要的支撑。

　 本系的宗旨，一是使用交叉性的视野和方法，对科技与文明起源和发展中的重大问题展开长时段、跨文化的研究，为国家培养科技史和科技考古等方面的高级人才；二是加强科技人文素质教育，为将来的科学家、工程师、医生以及企业精英提供一个宽广的历史与文明视野，让他们透过历史了解科学技术发展与社会、政治、经济与文化之间的互动关系，了解科学技术工作者的历史角色与社会责任，培养他们对科技与社会方面的一些重大问题形成平衡的分析和判断能力。